自建房三层有房产证算几套房

房产证三层实际六层是一种比较常见的违法建筑情况，产生这种情况的原因可能是因为业主为了获取更大的建筑面积，擅自增加了建筑层数，而未经规划部门批准。这样做不仅违法违规，而且存在安全隐患，将对周边环境和公共设施造成严重影响。

咨询相关法律顾问或律师：您可以咨询专业的法律顾问或律师，了解违章建筑处理的相关法律法规，以及您可能面临的处罚和后果。

与相关部门沟通：您还可以主动联系当地城市规划部门或房屋管理部门，向他们说明情况，寻求他们的指导和帮助。可能需要提交相关资料，并听取他们的处理意见。

整改建议：根据当地相关规定，您可能需要对违章建筑进行整改。这可能包括拆除多余的楼层或进行专业改建，以使其符合规定标准。整改过程需要严格按照规定程序进行，并确保工程质量。

遵守规定：在整改完成后，务必向相关部门申报并验收。之后，您还需确保遵守规定，不再擅自改变建筑结构，以避免再次违法。

注意安全：在整改和后续使用过程中，务必注意安全。建议您在整改期间请专业团队进行工程施工，确保施工过程中的安全防护，以避免意外发生。

面对房产证三层实际六层的情况，最重要的是主动与相关部门合作，按照法律法规和规定程序进行整改处理。遵守规定，确保整改质量和用户安全是至关重要的。希望您能够尽快解决这一问题，避免带来不必要的麻烦和损失。